He creado clases como profesor independiente, y luego me incorporé a un centro educativo. ¿Mis clases se asociarán con el centro educativo?

No, solo tú podrás ver tus clases independientes. Si quieres trasladar una clase de alumnos a un centro educativo, crea una clase nueva en ese centro educativo y facilita un código de clase a todos tus alumnos para que puedan unirse a ella. Todo progreso ya obtenido pasará también a la clase nueva.